Alien Swarm ist eine neue Bedrohung. Die Drohnen einer Königin, genannt Nanochips, bevölkern die ganze Erde. Ben kann die Königin nur mit Hilfe von Nanotech-Power besiegen. Dazu muss er die DNA der Nanochips mit seiner Omnitrix scannen. Nur so kann er sich in Nanomech verwandeln, einer Kombination aus Mensch und Drohne. Ben zu Hilfe kommen wie immer seine Cousine Gwen und Kevin Levin. Außerdem wird das Team von Elena, einer alten Freundin, unterstützt. Ihr Vater wird vermisst und Elenas Hilferuf ist bei Ben natürlich genau richtig. Mit vereinten Kräften versuchen sie die feindlichen Drohnen zu besiegen und Elenas Vater zu finden.